Parmi les outils utilisés pour l'agriculture au Néolithique, certains ont laissé peu de traces car composés de matière organique périssable (bois, fibres végétales, écorces) et d’autres se retrouvent en abondance dans les fouilles. Dans certains milieux humides, comme les habitats palafittiques construits au bord des lacs fréquents dans le Néolithique suisse, des outils en matière organique sont retrouvés. Lorsque les outils sont absents ou incomplets, les archéologues étudient des sociétés pratiquant encore de l’agriculture traditionnelle, ce qui permet d’imaginer et de reconstituer les pratiques utilisées dans le passé; cette démarche est appelée "ethnoarchéologie".

Si on décompose les différentes étapes du travail agricole, on distingue premièrement les outils nécessaires au défrichage, qui sont des haches à lame en pierre polie, utilisées pour couper des arbres afin d’ouvrir des espaces cultivables (on retrouve essentiellement les lames). Le travail de la terre est ensuite réalisé à l’aide de houes ou de pics en bois végétal ou en bois de cerf destinés à casser les mottes de terre et creuser le sol. Des araires ont également été retrouvées (sortes de pointes formant un crochet avec un long manche) et montrent qu’elles étaient tractées, par l’homme ou un animal. L’étape de la récolte des céréales se fait avec des faucilles ou couteaux à moissonner dont les lames en silex portent les traces caractéristiques de la découpe des tiges. Des cordes, grands paniers ou filets étaient sans doute utilisés pour le transport des céréales, mais on a très peu de traces de ces systèmes de portage. Ensuite, la séparation des grains de la tige, le battage, se faisait à l’aide d’un fléau, sorte de fouet en bois. Les graines étaient par la suite stockées à l’abri de l’humidité et des animaux, soit dans des fosses creusées dans la terre, soit dans des grands récipients en céramique. Lors de leur utilisation, une partie de ces céréales étaient broyées pour en faire de la farine; cette dernière étape de transformation avant la consommation laisse des outils bien conservés car ils sont en pierre. Il s’agit de meules, grandes pierres abrasives, sur lesquelles étaient écrasées les graines par le va-et-vient d’une molette, sorte de grand galet qui s’aplatit à mesure de son utilisation.