Le bleu de méthylène est un colorant couramment utilisé en biologie et en médecine. Entre autres, il est utilisé pour des tests de viabilité cellulaire: après application du colorant, les cellules vivantes restent incolores, alors que les cellules mortes deviennent bleues. Ceci est lié au fait que la couleur du bleu de méthylène est déterminée par son état redox: quand il est sous sa forme oxydée, il est bleu, mais sous sa forme réduite, il est incolore.
Or, le cytoplasme des cellules vivantes est un environnement réducteur: c’est une condition essentielle à la fabrication d’énergie, aussi bien par les bactéries que par les cellules eucaryotes. Le bleu de méthylène rentre dans toutes les cellules sur lesquelles on l’applique; mais, dans les cellules vivantes, il est très rapidement réduit et devient donc invisible. C’est pour cette raison que seules les cellules mortes (et, par conséquent, les cellules fixées) se colorent en bleu lors de cette manipulation.
C’est d’ailleurs le même mécanisme chimique qui est en œuvre dans l’expérience dite "de la bouteille bleue". Dans cette expérience, on mélange dans un flacon du bleu de méthylène en solution avec un composé réducteur. Au repos, la solution est incolore; mais si on agite le flacon, l’oxygène de l’air oxyde le colorant et la solution se colore en bleu… avant de redevenir transparente lorsque le liquide revient au repos et que le bleu de méthylène se trouve de nouveau réduit!