Ce que l'on voit habituellement d'un champignon est la fructification, la partie qui sert à la reproduction du champignon, mais cela n'est que la pointe de l'iceberg. La partie la plus importante, le «corps» du champignon – le mycélium – est généralement cachée à l'intérieur du substrat (sol, bois mort, etc.) sur lequel la fructification pousse. Ce mycélium est constitué par des cellules particulières appelées «hyphes».
Les hyphes sont de longs et fins filaments ou micro-tubes dont le diamètre se situe autour de 5 millièmes de millimètres et qui sont plus ou moins ramifiés. Ils ont une paroi en chitine (comme l'exosquelette des insectes) très résistante et imperméable à l'eau, une forte pression hydrostatique et un ensemble varié d'enzymes qu'ils peuvent sécréter pour digérer le substrat sur lequel ils vivent. Toutes ces propriétés des hyphes permettent aux champignons de pénétrer activement, d'explorer et d'exploiter de manière idéale les substrats dans lesquels ils vivent, ceci quasiment sans aucune concurrence.
Certains champignons font encore plus fort et agrègent ensemble des hyphes pour constituer de véritables faisceaux d'hyphes (à la manière des câbles qui sont constitué de plusieurs filament torsadés en spirale) appelés «rhizomorphes». Ces derniers, structures très fortes et résistantes, peuvent alors pénétrer la maçonnerie et même parfois le béton, en transportant l'eau et les éléments nutritifs nécessaires au champignon.
L'exemple classique est la Mérule pleureuse (Serpula lacrymans) qui, si elle n'est pas découverte à temps dans un bâtiment, peut véritablement mener à la destruction de celui-ci. Un autre exemple de champignon formant des rhizomorphes est l'Armillaire, qui parasite et tue les arbres. Le plus grand organisme vivant au monde est d'ailleurs probablement l'un de ces Armillaires: au minimum 15 hectares pour le mycélium souterrain de l'Armillaire bulbeuse (Armillaria gallica), un champignon de la famille des Basidiomycètes, qui vit dans le Michigan (Etats-Unis). Le poids de ce clone est estimé à 10 tonnes et son âge à environ 1'500 ans.
