La principale précaution par rapport à l’eau de pluie est de s’assurer de sa qualité, à la fois au niveau bactériologique (de l’eau de pluie qui stagne trop longtemps peut, sous certaines conditions, voir augmenter le risque de bactéries pathogènes), et au niveau chimique. En effet, l’eau de pluie en contact avec une atmosphère polluée, peut dissoudre dans son parcours dans l’air une partie des polluants gazeux (oxydes de souffre, oxydes d’azote, même le dioxyde de carbone), ce qui contribue à augmenter l’acidité de l’eau. Selon les applications envisagées, l’acidité de l’eau pourrait être une contre-indication à son utilisation. Cependant, en Suisse la qualité de l’air est en général plus que bonne et il n’y a en principe que très peu de précautions à prendre pour son utilisation, surtout si l’eau est utilisée rapidement après avoir été collectée (pour éviter l’augmentation des bactéries mentionnée précédemment).