La persistance, ou pas, d'un caractère ou d'un organe, au fil de l'évolution dépend en partie de l'équilibre entre ses avantages et désavantages pour la survie de l'espèce. Si les désavantages l'emportent, alors probablement que les individus qui sont dépourvus de ce caractère tendront à devenir dominants dans les populations et que, à terme, ce caractère régressera ou disparaitra.

Ceci dit, on peut en effet se demander pourquoi un organe comme la coquille des mollusques, qui semble (et qui est !) si utile pour se protéger, pourrait devenir un handicap. C'est pourtant ce qui est arrivé chez les limaces et divers autres groupes de mollusques. Dans ce contexte il ne faut pas oublier que, même si une coquille est utile, l'énergie nécessaire à sa fabrication, puis à son transport, peut être importante.

Parmi les explications possibles pour sa disparition, on peut donc imaginer que, dans certains cas, le coût de la fabrication d'une coquille devienne trop élevé (par exemple si les ressources en calcium nécessaire à sa fabrication sont limitées), ou que ses désavantages deviennent manifestes (par exemple pour une espèce prédatrice qui a besoin de s'infiltrer dans de très petites failles, ou de s'enfouir dans le sol pour chasser), ou que le milieu dans lequel vit l'organisme la rende moins utile (par exemple dans un milieu humide, sa fonction de protection contre la dessiccation - le fait de sécher - devient secondaire), ou encore que la fonction de la coquille soit remplacée par une nouveauté plus efficace (par exemple de nombreuses "limaces de mer" ont développé des défenses chimiques et produisent des toxines). Il y a donc plusieurs hypothèses possibles pour expliquer la perte d’un organe comme la coquille, et probablement que plusieurs d'entre elles s'appliquent simultanément.