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Le parc informatique mondial en soutien à la recherche sur le Covid-19

Le projet relie des milliers de machines entre elles autour de la planète. [Folding@Home]
Le projet relie des milliers de machines entre elles autour de la planète. [Folding@Home]
Des centaines de milliers de particuliers et d'entreprises, partout dans le monde, participent à un effort sans précédent de mise en commun de ressources informatiques dans le cadre de la pandémie de Covid-19. L'objectif est d'accélérer la recherche de traitements.

"C'est un remède fantastique contre la sensation d'impuissance qu'on a en ce moment", s'enthouiasme Pedro Valadas, un avocat portugais qui coordonne l'un des plus gros contributeurs, une communauté en ligne de 24'000 fans de PC et de jeux vidéo.

Le projet "Folding@Home", mené par des biologistes informatiques, relie des milliers de machines entre elles pour créer un super ordinateur virtuel. Il est censé être l'ordinateur le plus puissant au monde, avec une vitesse de 40 petaFLOPS, et capable d'effectuer des trillions de calculs chaque seconde, qui doivent permettre de comprendre la structure du virus (lire encadré).

Visualisation en 3D proposée par l'université de Stanford:

Plus de 400'000 personnes ont déjà téléchargé l'application de partage de données et de ressources informatiques ces dernières semaines, indique Greg Bowman, professeur de biochimie et de biophysique moléculaire à la Washington University de Saint-Louis, où "Folding@Home" est centralisé.

Un projet né il y a vingt ans à Stanford

Le projet est né à l'université de Stanford, dans la Silicon Valley californienne, il y a vingt ans. Il s'agissait à l'époque de mettre en commun des capacités de calcul informatique pour mener des simulations à grande échelle sur les maladies, et notamment sur le processus de "repliement des protéines", qui joue un rôle dans la mortalité de certains pathogènes. "Les simulations nous permettent d'observer comment chaque atome évolue", explique Greg Bowman.

Depuis son lancement, les données des simulations ont servi à écrire 118 articles dans des revues scientifiques, qui correspondent aux résultats expérimentaux.

Méthode déjà appliquée face au virus Ebola

Les chercheurs veulent trouver des sortes de "poches" dans le virus, où des molécules thérapeutiques peuvent s'insérer, pour le désarmer. Greg Bowman a confiance dans cette méthode de conception de médicaments via l'informatique, car elle a déjà permis de trouver une cible dans le virus Ebola, et parce que le Covid-19 a une structure similaire au virus du SARS, qui a fait l'objet de nombreuses études.

"Si nous trouvons qu'une molécule déjà existante peut se loger dans une de ces 'poches' (...), nous pourrons aussitôt l'utiliser" pour concevoir un traitement, explique-t-il.

Parmi les molécules existantes envisagées, il cite la chloroquine, traitement contre le paludisme potentiellement efficace dans la lutte contre le nouveau coronavirus.

>> Lire: La chloroquine, le traitement contre le coronavirus qui fait débat

afp/oang

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Une force de calcul hallucinante

Le projet "Folding@Home" a permis de porter les capacités informatiques de ce super ordinateur virtuel à 400 pétaflops - un pétaflop correspond à un million de milliards de calculs par seconde -, ce qui le rend trois fois plus puissant que les meilleurs super ordinateurs dans le monde.

"En principe il n'y a pas de limite à la puissance de calcul que nous pouvons utiliser", assure Greg Bowman.

N'importe qui possédant un ordinateur un peu récent, ou même une console de jeu PlayStation, peut contribuer en installer l'application, et choisir quelle recherche il souhaite soutenir. Plusieurs grandes entreprises participent, comme GitHub (Microsoft), un service d'hébergement internet.

Le fabricant de processeurs et cartes graphiques Nvidia a de son côté appelé les "gamers" à collaborer. Les fans de jeux vidéo sont souvent bien équipés en puissance de calcul, pour avoir un bon rendu audio et visuel.

D'autres superordinateurs sont utilisés pour des projets similaires. Le Oak Ridge National Laboratory se sert par exemple du meilleur supercalculateur du géant américain de l'informatique IBM. Début mars, ce laboratoire a annoncé avoir identifié 77 composés potentiels qui pourraient se lier à la principale protéine du coronavirus pour désarmer le pathogène.