La phagothérapie est basée sur l’utilisation de virus qui n’infectent que des bactéries, mais pas les cellules humaines. Ces virus, qu’on appelle aussi des bactériophages, donc des "mangeurs de bactéries", car ils injectent leur matériel génétique dans des bactéries, se multiplient, et lysent (détruisent) les bactéries pour en sortir et en infecter d’autres. Ces bactériophages sont très spécifiques, et chaque type de virus n’infecte qu’un type de bactérie. Ainsi, si on utilise bactériophage donné contre une bactérie pathogène, il est possible d’éliminer la bactérie et, en théorie, de guérir une personne malade. Il faut toutefois pouvoir acheminer le bactériophage au lieu de l’infection.

Cette stratégie était beaucoup - et est encore - utilisée en Géorgie, et il y a des programmes de recherche Européens, qui incluent aussi des groupes en Suisse, qui essayent de développer cette méthode afin de pouvoir diminuer l’utilisation d’antibiotiques.