La réponse est différente en fonction du type d’animal étudié. Chez les mammifères, des travaux relativement récents se réfèrent à la fonction d’un gène qui code pour la production d’un facteur de transcription appelé Cdx2.

La transcription de ce gène est activée dans des cellules superficielles (les blastomères) de la morula, un embryon de stade précoce contenant 16 à 32 cellules. Un jour plus tard, soit au stade blastocyste, les blastomères externes produisent le facteur de transcription Cdx2, tandis que les cellules qui ne sont pas en contact direct avec la surface restent Cdx2 négatives. Ces dernières, quant à elles, produisent toutefois d’autres facteurs de transcription, appelés Oct4, Nanog et Sox2, qui ne sont pas produits dans les cellules Cdx2 positives. Cette ségrégation (séparation) entre cellules Cdx2 positives ou Cdx2 négatives est à la base de l’apparition des cellules du trophectoderme, le premier type cellulaire dit "spécialisé" chez les mammifères. Ces cellules externes, Cdx2 positives, sont les précurseurs du placenta. Les cellules internes, Cdx2 négative, sont à l’origine de tous les autres types cellulaires de l’organisme.

Cette première spécialisation est déclenchée par l’activité d’une voie de signalisation intercellulaire, via le récepteur Notch. La position superficielle ou interne des cellules dépend du hasard et est, apparemment, non-programmée.

Tout cela, hélas, est assez technique, mais il en va ainsi de l’analyse génétique moléculaire du développement.