Les aliments que nous mangeons, l’environnement dans lequel nous vivons et tous les organismes vivants sont composés d’une grande quantité et diversité de microbes (bactéries, champignons microscopiques, virus…) qui y jouent de nombreux rôles. Les microbes sont partout et, sans eux, la vie sur terre ne serait pas possible. Lorsque nous avalons de la nourriture, les microbes présents se retrouvent tout d’abord dans notre bouche, qui est elle-même composée d’une flore (ou microbiote) très riche et variée. Les microbes de cette flore sont ce qu’on appelle des membres résidents (ou endogènes) et ils contribuent à l’équilibre de notre hygiène buccale. Les microbes de la nourriture sont, eux, considérés comme "transitaires", car ils ne s’installent pas de manière permanente dans la flore buccale. Certains microbes sont détruits au niveau de la bouche et de la gorge, notamment grâce à l’action de la salive ou de notre système immunitaire; les autres sont avalés et descendent ensuite vers notre système gastro-intestinal. L’arrivée dans l’estomac est fatale pour un grand nombre de microbes: en effet, l’acidité y est très forte et peu de microbes peuvent y survivre. Certaines espèces ont toutefois la capacité de résister et continuent ainsi vers l’intestin.

Les microbes apportés par la nourriture en cours de digestion se retrouvent ici confrontés à une flore microbienne qui devient de plus en plus riche et nombreuse au fur et à mesure que l’on s’avance vers le gros intestin. On l’appelle le microbiote intestinal et il est considéré comme un véritable organe, tant il est important pour le maintien des fonctions de l’organisme (digestion, protection contre les pathogènes, développement du système immunitaire de l’hôte etc.). La compétition y est donc rude pour les microbes transitaires, et s’y développer est un véritable défi.

Les microbes résidents de notre flore nous protègent donc en grande partie des intrus, de même que notre système immunitaire. Toutefois, dans de rares cas, une infection est possible si l’on consomme certaines espèces pathogènes (comme des salmonelles, shigelles ou certaines souches d’Escherichia coli par exemple). Dans ces cas, la virulence de la souche, la quantité ingérée et l’état de santé de l’hôte sont des facteurs qui seront déterminants dans la survenue des symptômes.