On peut proposer deux réponses à cette question. La première est celle que la majorité des poètes de l'Antiquité donnaient: Héraclès est le fils que Zeus, le roi des dieux et l'époux d'Héra, a eu avec une mortelle, Alcmène. Donc en trompant sa femme. C'est pour cela que Héra le déteste et fait tout ce qui est en son pouvoir pour lui rendre la vie difficile. Bien sûr, Héraclès est loin d'être le seul enfant issu d'une aventure de Zeus avec quelqu'un d'autre que son épouse: Athéna, Apollon, Artémis, Hermès et Dionysos pour les principaux dieux; Persée, Hélène de Troie, Minos, etc. du côté des mortels; on aurait besoin de beaucoup de temps pour tous les compter! Et ce n'est pas la seule fois non plus que l'on raconte la colère d'Héra contre un des enfants illégitimes de son mari: elle provoque presque la mort du petit Dionysos alors qu'il était encore dans le ventre de sa mère! (Zeus sauvera la vie de l'enfant au dernier moment, en le cousant dans sa cuisse pour le faire naître lui-même) On peut donc dire qu'Héra déteste Héraclès parce que c'est la preuve vivante de l'infidélité de son mari.

Mais on peut aussi raconter les choses différemment. Le nom d'Héraclès signifie quelque chose comme "la gloire d'Héra" ou "la gloire par Héra". En fait, Héraclès était le dernier enfant de Zeus (il n'en aura plus d'autre après lui), et le dieu avait décidé de faire de lui le plus grand héros de tous les temps. Et que faut-il pour faire un héros? Des épreuves à surmonter et des monstres à tuer. C'est là qu'Héra intervient: elle est à la source de toutes les épreuves et batailles d'Héraclès. Elle envoie deux serpents le tuer alors qu'il n'est qu'un petit enfant, elle l'oblige à accomplir ses douze travaux, elle élève même certains des monstres qu'il devra combattre, comme le Lion de Némée et l'Hydre de Lerne. C'est elle qui l'aide, si on veut, à atteindre son statut de héros, et même finalement de dieu. Les Grecs disaient en effet qu'Héraclès n'était pas mort à la fin de sa vie mais qu'il avait rejoint les dieux sur l'Olympe, où on racontait parfois qu'Héra lui avait donné comme épouse sa propre fille Hébè (la Jeunesse éternelle). Dans un fragment de ses poèmes, le très célèbre Hésiode précise même à propos d'Héraclès: "Héra l'aime à présent, et l'honore plus que tous les autres dieux immortels".

Si Héra détestait Héraclès au début, on peut dire qu'elle a finalement été impressionnée par ses exploits au point de l'adopter comme son propre fils.