Le principal problème des sources archéologiques est qu’elles sont incomplètes, surtout pour les périodes anciennes, comme la préhistoire, où les écrits sont absents. L’étude de ces périodes s’apparente alors à une enquête minutieuse où toutes les informations, parfois très lacunaires, sont utiles pour reconstituer le mode de vie passé. Ainsi, l’archéologie ne se limite pas à une simple récolte d’objets, le contexte de découverte et la position des vestiges étant indispensables à la compréhension d’un site archéologique. L’investigation commence sur le terrain (la fouille) et se poursuit en laboratoire en confrontant différentes techniques. Certains objets se conservent très bien (pierre, os, poterie) alors que les restes organiques ont généralement disparu, ce qui conduit à réinterpréter des vestiges absents. L’archéologue doit alors faire appel à de nombreuses disciplines liées aux sciences naturelles et aux sciences humaines afin de reconstituer les activités humaines et de proposer des scénarios du passé.

L’archéologie est un savoir en construction, les certitudes sont rares; plus la période est ancienne, plus les traces sont fugaces et plus les hypothèses sont nombreuses. L’interprétation y prend une part importante, certaines analyses permettent de favoriser ou d’infirmer une hypothèse. Elle est également importante dans certains domaines difficiles à restituer ou qui laissent peu de traces, comme les croyances, les langues. C’est une science qui se construit sur des savoirs qui évoluent, elle a aussi ses limites et ses incertitudes.