Le quartz dont vous parlez est d'origine hydrothermale. Lors du refroidissement lent de masses granitiques en profondeur (plus de 5'000 m.), de l'eau très chaude (aux alentour de 500°) circule et s'infiltre dans les fissures des roches extérieures. A cette température, cette eau est très chargée en substances minérales dissoutes, en particulier de la silice (SiO2). En s'éloignant de la masse granitique et en cherchant à monter vers la surface, la température et la pression auxquelles cette eau est soumise diminue et elle va déposer lentement son excès de substances minérales sur les parois des fissures qu'elle traverse. C'est le processus de dépôt hydrothermal.
Dans certaines coulées de basalte, des bulles d'air forment des cavités arrondies qui pourront se transformer ensuite en géodes tapissées d'améthyste par exemple si la température est suffisamment élevée, ou de zéolites si la température est plus basse. Là aussi, c'est la circulation d'eau très chaude qui se charge du travail.
Quant à dire combien de temps cela prend, c'est très difficile à dire. Probablement plusieurs milliers d'années voire même beaucoup plus. Ainsi quand on dit qu'une masse magmatique se refroidit lentement en profondeur, c'est de l'ordre de quelques degrés par millions d'années! L'Homme compte en décennies, les géologues en millions d'années!