Il convient d’abord de bien définir ce qu’est le clonage pour éviter tout malentendu.

Le clonage consiste à produire des individus génétiquement identiques à partir d'un même ancêtre. Il faut clairement le distinguer de la fabrication des plantes transgéniques (OGM). Le clonage est courant chez les plantes, avec le bouturage et le marcottage qui permettent la propagation d'individus génétiquement identiques à la plante mère. Depuis plus de 50 ans il est devenu possible de régénérer une plante complète à partir d'une culture de cellules. Cette technique offre plusieurs avantages : Elle est utilisée systématiquement pour débarrasser de leurs virus les variétés intéressantes et éviter leur disparition. Elle a en particulier permis de sauver certaines variétés de pommes de terre. Une autre application du clonage est le micro-bouturage (appelé aussi micro-propagation) qui permet de produire des orchidées et rosiers en grande quantité (400 000 plants de rosiers par an à partir d'un unique pied-mère sans le détruire).

Le clonage en soi ne constitue pas un problème. C'est la combinaison d'applications et de modifications génétiques qui peut causer des problèmes. L’utilisation massive de monocultures de végétaux d'agriculture peut augmenter les risques d’épidémies et de maladies par rapport aux cultures mixtes. Il convient également de respecter la biodiversité.