Il convient d’expliquer le principe d’une recherche en paternité. Pour chaque région, les caractères génétiques de l'enfant sont initialement comparés à ceux de la mère. Ceci permet de déterminer lequel des deux caractères génétiques de l’enfant a été hérité de sa mère. Le deuxième caractère de l’enfant doit donc provenir du père biologique.

Lorsque le père présumé possède, pour toutes les régions analysées, le deuxième caractère génétique en question, la probabilité de paternité est établie, au moyen d'un calcul statistique. Cette probabilité est généralement supérieure à 99,99 %. La paternité est alors pratiquement établie. Lorsque le père présumé ne possède pas, pour plusieurs (au minimum 3) régions analysées, le deuxième caractère génétique en question, il peut être exclu comme étant le père biologique de l’enfant.

Il arrive assez souvent d’observer une compatibilité entre un père présumé et l’enfant pour 8 des 15 régions testées. Cette compatibilité est simplement due au hasard et n’a pas une origine héréditaire. L’incompatibilité pour les 7 régions restantes étant la preuve formelle que le père présumé n’est pas le père biologique de l’enfant.