La discussion bioéthique sur le clonage thérapeutique a démarré au début des années 2000, dans le sillage de la controverse sur le clonage reproductif. En effet, les étapes initiales de la démarche sont identiques dans les deux sortes de clonage: il s’agit de prélever une cellule somatique (c’est-à-dire une cellule différenciée, qui a une fonction définie) d’un individu animal ou humain existant, puis d’implanter le noyau de cette cellule dans un ovule dont on a ôté le noyau initial. C’est à ce stade que les deux formes de clonage diffèrent.

Soit on replace cet ovule dans l’utérus d’une "mère porteuse" et on le laisse se développer jusqu’à la naissance. Le résultat sera un nouvel individu, génétiquement identique à celui qui a fourni la cellule somatique de départ: c’est le clonage reproductif. Soit on ne cultive cet embryon que pour quelques jours, jusqu’au stade où on peut isoler des cellules souches pluripotentielles de cet embryon, dans l’idée d’utiliser ces cellules souches comme traitement spécifiquement adapté à l’individu de départ: c’est le clonage thérapeutique. Le but est donc de créer des cellules-souches immunologiquement compatibles pour un patient donné, avec la contrainte majeure qu’il faut recréer une lignée de cellules souches spécialement pour chaque nouveau patient.

Les adversaires du clonage thérapeutique ont surtout avancé deux arguments. Le premier est que l’étape initiale du clonage est la même que pour le clonage reproductif, qui est largement condamné et qu’on redoute une "pente savonneuse" qui nous mènerait du clonage thérapeutique au clonage reproductif. Le problème de cet argument est commun à tous les raisonnements invoquant la "pente savonneuse".  Supposons qu’il y ait une "pente savonneuse" qui mène souvent d’une pratique A, acceptable, vers une pratique B, condamnable. Soit on fait confiance au système légal et on pense qu’il est capable d’empêcher B tout en autorisant A. Soit on est fondamentalement sceptique sur la capacité des lois de contrôler les progrès techniques, mais alors on risque d’être défaitiste sur la possibilité de réglementer toute avancée technique controversée. En l’occurrence, ça revient à penser que de toute façon A et B sont inévitables; mais alors à quoi cela sert-il de poser des interdits? Le second argument invoque le statut de l’embryon humain. Pour ceux qui pensent que l’embryon humain a droit à un haut niveau de protection dès le début de son développement, produire un embryon pour s’en servir comme d’un simple matériau destiné à la fabrication d’un produit thérapeutique semble immoral. La faiblesse du deuxième argument est son manque de spécificité: au nom du même argument, on pourrait interdire le diagnostic préimplantatoire, la fécondation in vitro, voire l’avortement en toutes circonstances.

A vrai dire, la controverse est passablement retombée depuis quelques années, pour des raisons essentiellement pratiques. Même si le clonage de mammifères a fait des progrès, le clonage humain paraît toujours très difficile à réaliser. De plus, le clonage thérapeutique repose sur le don d’ovule, un procédé invasif lourd pour les femmes concernées. Du même coup, le clonage thérapeutique semble moins réaliste que d’autres approches utilisant les cellules-souches et qui permettent de contourner le problème de la compatibilité immunologique d’autres manières.