La méthylation permet de distinguer un brin parental d'un brin nouvellement synthétisé lors de la réplication de la double hélice d'ADN. Le brin parental est méthylé, tandis que le nouveau brin ne l'est pas encore. Quand il y a une mauvaise incorporation d'un nucléotide, la machinerie de réparation peut donc "savoir" lequel des deux nucléotides est dans le brin nouvellement synthétisé (donc pas encore méthylé) et peut enclencher la réparation. Donc, la méthylase n"intervient pas directement dans la réparation, mais elle permet de distinguer entre le brin d'ADN parental et le nouveau brin.