Les mitochondries sont importantes à la viabilité des cellules et à leur santé, puisque elles sont le centre produisant l'énergie (ATP). Paradoxalement, elles sont aussi essentielles à la mort des cellules et, plus particulièrement, la mort cellulaire programmée (l'apoptose).

Il est bon de savoir que l'apoptose peut être bénéfique aux êtres vivants! Contrairement à la nécrose, une mort cellulaire non programmée souvent due a une série de dommages externes (blessures, infections, toxines, etc.) provoquant une inflammation délétère pour les tissus environnants. Au contraire, l'apoptose est induite de manière contrôlée par les cellules saines. Elle a plusieurs rôles physiologiques. Par exemple, elle arrive souvent dans les cellules âgées afin d'éliminer les cellules dysfonctionnelles et de protéger l'intégrité des tissus.  

Les mitochondries contrôlent ce processus d'apoptose. Lorsque la cellule est dans une condition défavorable (absence de nutriments, par exemple), le processus d'apoptose se met en place par le recrutement de protéines permettant de former un pore dans la membrane de la mitochondrie. Ceci permet la sortie d'un ensemble de facteurs pro-apoptotiques de l'espace inter-membranaire des mitochondries vers le cytoplasme de la cellule. Par la suite, ces protéines déclenchent une série de réactions activant les caspases, acteurs essentiels de l'apoptose (c'est ce qu'on appelle la cascade apoptotique). Ces caspases sont des enzymes induisant la dégradation des composants cellulaires et, donc, la mort de la cellule.

Ainsi, les mitochondries contrôlent largement le fonctionnement des cellules et des tissus: de la production de l'énergie jusqu'à la mort. C'est la raison pour laquelle l'accumulation des dysfonctionnements mitochondriaux induit des maladies sévères allant des maladies dégénératives aux cancers.