Effectivement, un accouchement par voie naturelle va permettre au bébé d’entrer en contact avec les bactéries de la flore intime de la mère (flore de Döderlein). Le système digestif de l’enfant sera ainsi colonisé par des bactéries lactiques, dans un premier temps. Progressivement, entre 3 et 5 ans, une flore similaire en diversité et en composition à celle d’un adulte sera mise en place.
Dans le cas d’une naissance par césarienne, c’est la flore de la peau de la mère et les germes de l’environnement immédiat de l’enfant qui vont en premier coloniser le système digestif. La flore normale du bébé prendra alors quelques mois de plus pour se mettre en place. Certains facteurs, comme l’alimentation (lait maternel ou artificiel) ou des traitements antibiotiques peuvent moduler le temps de mise en place d’un microbiote.