Non, l'ADN humain ne peut pas tel quel déclencher une réponse immunitaire.

Le récepteur TLR9 (Toll-like receptor 9) qui reconnaît l'ADN bactérien hypométhylé (différent de l'ADN humain) se trouve localisé dans un compartiment intracellulaire, l'endosome. La reconnaissance de cet ADN s'effectue donc après phagocytose de la bactérie et sa dégradation dans la cellule. C'est seulement à ce moment-là que l'ADN bactérien se lie au TLR9, entraîne une activation de la cellule et entretient la réponse immunitaire. Les principales cellules immunes impliquées sont les macrophages, les lymphocytes B et les cellules dendritiques.

En revanche, dans le cas d’une pathologie autoimmune telle que le lupus erythémateux systémique, on retrouve des anticorps anti-ADN, dus à l'existence de lymphocytes T et B autoréactifs). Les chercheurs suspectent que l'ADN de la personne elle-même (ADN «soi») est effectivement reconnu par le TLR9. Il faut cependant que cet ADN soit transporté dans l'endosome sous forme de complexes immuns (anticorps-ADN). Tout ceci n'est pas encore réellement prouvé chez l'homme.

Quant à l'ADN d'un donneur, il ne sera pas reconnu comme «non soi», car la structure nucléique est la même chez le donneur et le receveur. Pour répondre donc spécifiquement à votre dernière question, ce ne sont pas des anticorps formés qui reconnaissent des séquences de bases étrangères, c'est ce récepteur TLR9 qui reconnaît l'ADN bactérien.