Les phobies font partie des troubles anxieux. Ces troubles impliquent des régions du cerveau qui interviennent aussi dans l’apprentissage de la peur dite « conditionnelle », c’est-à-dire associée à un signal particulier, une « condition » (comme par exemple se trouver dans un lieu public pour l’agoraphobie, ou l’apparition d’une araignée dans le cas de l’arachnophobie !). La principale région concernée est l’amygdale, une collection de noyaux situés dans le lobe temporal qui gèrent les émotions en général et la peur conditionnelle en particulier. Le cortex préfrontal, qui exerce un rôle modulateur sur les réponses émotionnelles, joue aussi certainement un rôle. Enfin, l’hippocampe, impliqué dans la mémoire du contexte, de la situation, pourrait être un troisième partenaire important. Cependant, il ne faut jamais oublier que, quelles que soient les régions concernées, elles fonctionnent toujours en relation avec d’autres parties du cerveau, et ce sont plutôt les « circuits » ou « réseaux » qui sont importants. On ne peut donc pas vraiment parler d’une « zone du cerveau responsable des phobies ».

De plus, en psychiatrie, il n’existe pas à l’heure actuelle de traitement permettant de cibler une région particulière du cerveau. Les meilleurs traitements contre les phobies semblent être ceux basés sur les thérapies dites « cognitivo-comportementales ». Ces traitements agissent certainement sur l’amygdale et autres régions cérébrales impliquées dans les phobies, mais le détail des modifications fonctionnelles induites dans ces zones par de tels traitements n’est pas connu à l’heure actuelle.